Для удаления сайта на bitrixVM авторизуйтесь по SSH и перейдите в меню bitrixVM
Далее перейдите в раздел 6. Configure pool sites
Далее выбираем пункт 2. Delete a site
Далее для удаления сайта необходимо указать его директорию.
Enter site directory (ex. /home/bitrix/www) or 0 to exit - Вводим директорию сайта, который требуется удалить, директорию можно увидеть в меню вверху
После ввода директорию жмем Enter и далее появится задание на удаление сайта