Для того, чтобы у сайтов изменить версию php Вам необходимо авторизоваться в панели управления HestiaCP, под нужным пользователем.
Далее перейти в раздел "Web" и выбрать нужный домен
Далее нажать кнопку "Дополнительные опции", выбрать раздел "Шаблон Backend" и указать нужную версию php из доступных
После этого необходимо нажать кнопку "Сохранить" 
Аналогичную процедуру можно провести для других доменов и они будут все работать на разных версиях PHP