Для того, чтобы удалить сертификат с начала требуется его отключить, для этого перейдите в интерфейс управления интересующей Вас услуги и выберите раздел "Сайты"
Далее выберите сайт для которого требуется отключить SSL и нажмите кнопку "Изменить"
Убираем галочку с настройки "Включить SSL" и жмем кнопку "Сохранить"
После этого переходим в раздел "SSL" 
Выбираем сертификат и нажимаем кнопку "Удалить"