Для того, чтобы удалить сертификат с начала требуется его отключить, для этого перейдите в интерфейс управления интересующей Вас услуги и выберите раздел "Почтовые домены"
Далее выберите почтовый домен и нажмите кнопку "Изменить", так же Вы можете увидеть используется у почтового домена SSL или нет в разделе "Параметры"
В открывшемся окне выберите настройки "Защищенное SSL-соединение", снемите галочку и нажмите кнопку "Сохранить"
После этого переходим в раздел "SSL" 
Выбираем сертификат и нажимаем кнопку "Удалить"