При работе сайта через PHP LSAPI обработку файлов .html и .htm можно настроить в .htaccess. Порядок изменения файла, проверка результата и действия при ошибке описаны в инструкции по PHP в HTML-файлах в ISPmanager.
Сначала проверьте обработчик на файле без паролей и других секретов. Если настройка не сработает, исходный код может быть доступен посетителям.