В ISPmanager откройте раздел PHP, выделите нужную версию и нажмите Установить как консольную. Затем откройте новый сеанс Shell-клиента или SSH и проверьте результат командой php -v.
Все шаги со скриншотами и пояснением отличий от PHP сайта собраны в статье Консольная версия PHP в ISPmanager.