Новый сайт добавляется в разделе Сайты панели ISPmanager. Поля создания, выбор PHP и дальнейшая загрузка файлов разобраны в инструкции по добавлению сайта.
Если нужно открыть уже существующий сайт по другому домену, используйте псевдоним. Создание поддомена описано отдельно.