В ISPmanager журнал запросов и журнал ошибок настраиваются отдельно для каждого сайта. Откройте Сайты, перейдите в настройки домена и найдите блок Журналы.
Шаги со скриншотами, настройки ротации, просмотр и очистка собраны в статье Логи сайта в ISPmanager 6.
Если журналы быстро растут, сначала найдите причину повторяющихся ошибок или большого числа запросов. Постоянное отключение логов затрудняет диагностику. Не рассчитывайте, что отключение записи автоматически удалит все накопленные файлы.