В ISPmanager поддомен можно создать двумя способами.
Оба способа, скриншот настроек, правила расположения папок, DNS и HTTPS описаны в статье Поддомены и автоподдомены в ISPmanager.
Перед настройкой решите, должен ли поддомен работать независимо от основного сайта. Это поможет выбрать подходящий вариант.