Чтобы один сайт открывался по нескольким адресам, добавьте дополнительные домены в поле Псевдонимы у основного сайта в ISPmanager.
Шаги со скриншотом, настройка DNS и сертификата, а также проверка перенаправлений CMS описаны в статье Один сайт на нескольких доменах в ISPmanager.
Если нужны независимые сайты, создавайте их отдельно и используйте отдельные папки. Добавление разных доменов с общей папкой связывает их файлы, поэтому изменение или удаление содержимого затронет все такие сайты.