Для того, чтобы изменить права на вложенные директории и файлы перейдите в интерфейс управления интересующей Вас услуги и откройте раздел "Менеджер файлов"
В менеджере файлов перейдите к корневой директории Вашего сайта, обычно по умолчанию она располагается в директории WWW, но если Вы вносили изменения, то она будет указана, там где Вы создавали
Далее выделите директорию и нажмите на права 
В появившемся окне Вы можете изменить права для вложенных директорий и файлов.
Есть несколько вариантов изменения.
1. Изменить права только для указаной папки
Укажите права и нажмите кнопку "Сохранить"
2. Изменить и для файлов и для папок
Мы это не рекомендуем делать, потому что Вы меняете права сразу для всех файлов и директорий и после данных действий сайт может перестать работать
3. Изменить только для папок
Указываем права для всех папок 755, выбираем права доступа вложенных элементов "Изменить только для папок" и нажимаем кнопку "Сохранить"
4. Изменить только для файлов
Указываем права для файлов 644, выбираем права доступа вложенных элементов "Изменить только для файлов" и нажимаем кнопку "Сохранить"
Если сделано все корректно, то появится информационное сообщение о том, что изменения были приняты
Так же Вы можете изменить права через Shell - клиент или же удалено подключившись через SSH
Рассмотрим на примере изменения прав через Shell - клиент
Перейдите в раздел SSH
В появившемся окне нажмите кнопку "SSH - консоль" и укажите данные, которые указаны на данной странице для подключения
После авторизации Вы окажитесь в терминале аккаунта.
Далее перейдите в корневую директорию домена командой
cd www/domain.ruПуть к корневой директории может быть разным. В данном случае она расположена по умолчанию в директории WWW
Вместо domain.ru укажите имя Вашей корневой директории
Далее в корневой директории выполнить команду
find . -type f -exec chmod 644 {} \; && find . -type d -exec chmod 755 {} \;После завершения команды права на файлы и директории будут изменены