В ISPmanager откройте Менеджер файлов, выделите нужную папку и нажмите Имя и атрибуты. Область применения выбирается в списке Изменить дочерние элементы.
Для файлов и каталогов используйте отдельные операции. Обычно файлам подходят права 644, каталогам 755. Не меняйте владельца и группу без отдельной необходимости.
Все варианты формы, скриншоты, команды Shell-клиента и проверка результата собраны в статье Права доступа к файлам и папкам в ISPmanager.
Перед массовым изменением проверьте выбранный путь и сохраните резервную копию. Не применяйте одинаковые права ко всем файлам и каталогам аккаунта.