Изоляция ограничивает доступ PHP-процессов одного сайта к файлам других сайтов аккаунта. Перед включением проверьте, не использует ли приложение файлы вне своей папки.
Порядок включения, ограничения функции и действия при ошибках описаны в статье Изоляция сайтов в ISPmanager.