Создайте отдельного FTP-пользователя с домашней папкой нужного сайта. Полная инструкция находится в статье FTP-пользователь и доступ к папке сайта в ISPmanager.
Если не знаете путь, сначала посмотрите корневую папку сайта. После выдачи доступа проверьте подключение новым логином.