Домашняя папка аккаунта и корневая папка сайта имеют разное назначение. В домашней папке находятся служебные каталоги хостинга, почта, логи и папки сайтов. Не очищайте её целиком при загрузке или переустановке сайта.
В Менеджере файлов ISPmanager в корне аккаунта могут находиться следующие каталоги.
.cagefs и .cl.selector, связанные с окружением аккаунта и настройками PHP.email, содержащий почтовые данные.logs, содержащий журналы.mod-tmp, bin-tmp, php-bin и ссылка tmp, используемые сервером.www, внутри которого обычно размещены папки сайтов.Рисунок 1. Цифрой 1 отмечена домашняя папка аккаунта, цифрой 2 каталоги, которые не нужно удалять при переносе сайта, цифрой 3 папка www с сайтами.
Набор служебных папок может отличаться. Не удаляйте неизвестный каталог только потому, что его нет в этом списке.
Откройте раздел Сайты, выберите домен и нажмите Файлы сайта. Так вы попадёте в директорию конкретного сайта. Проверка пути показана в статье Куда загружать сайт в ISPmanager.
Перед заменой файлов сохраните резервную копию. Порядок загрузки и распаковки описан в отдельной инструкции.
Не создавайте пустые папки вместо удалённых служебных каталогов и не меняйте им права наугад. Это не восстанавливает их содержимое и настройки. Порядок восстановления зависит от удалённых данных и наличия резервных копий.