Файлы нужно размещать в корневой папке нужного сайта, а не в домашней папке аккаунта. Путь и переход к нему показаны в статье Куда загружать сайт в ISPmanager.
Загрузка с компьютера и распаковка архива разобраны в инструкции по загрузке сайта. Перед заменой существующих файлов сохраните резервную копию.