Как открыть папку сайта, загрузить файлы с компьютера и распаковать архив, показано в инструкции по загрузке сайта через ISPmanager.
Если не уверены, куда загружать файлы, сначала проверьте корневую папку сайта. Перед заменой данных сохраните резервную копию. Для сайта с базой данных одной загрузки файлов недостаточно, потребуется также перенести базу и обновить настройки подключения в CMS.