Отключение IPv6 для сайта выполняется в ISPmanager. Порядок изменения DNS-записей и адресов сайта описан в статье Как отключить IPv6 для сайта в ISPmanager.
В инструкции также показано, как сохранить работу сайта по IPv4 и не затронуть почту и другие поддомены.